Objawy SIBO nie są specyficzne, dlatego na początku trudno wpaść na to, że mamy do czynienia z przerostem bakteryjnym. Często objawy są mylone z objawami zespołu jelita drażliwego.
Do objawów SIBO można zaliczyć:
-leczenie się w kierunku zespołu jelita drażliwego i brak poprawy,
-pogorszenie samopoczucia po przyjmowaniu probiotyków,
-chwilowa poprawa po antybiotyku,
-niedobory witamin: A, D, B12 i żelaza (jako efekt zaburzonego wchłaniania),
-wzdęcia, odbijanie, zgaga, mdłości,
-bóle głowy, zmęczenie,
-zaparcia, biegunki,
-ból w podrzuszu.